Marca un punto de inflexión dramático en la vida del joven mago, sumergiéndolo en un misterio personal mucho más oscuro y de alto riesgo que cualquier amenaza anterior. La historia comienza con un verano especialmente tenso en casa de los Dursley. Después de que su odiosa tía Marge insulte a sus padres, Harry, en un ataque de ira mágica accidental e incontrolable, la infla como un globo monumental y huye de casa. Esta acción, que rompe las reglas del Ministerio, lo lleva a ser recogido por el fantástico pero caótico Autobús Noctámbulo, un vehículo púrpura de tres pisos que lo transporta al Caldero Chorreante. Al llegar, el Ministro de Magia, Cornelius Fudge, lo recibe con una sorprendente y sospechosa indulgencia. Pronto se revela la razón aterradora de esta calma: Sirius Black, un peligroso asesino en masa conocido como el primer prisionero en lograr la fuga imposible de la prisión de Azkaban. Black es considerado el antiguo aliado de Lord Voldemort y el responsable de la traición y muerte de los padres de Harry, lo que coloca la vida de Harry en un peligro inminente y palpable.
El inicio del tercer curso en Hogwarts trae consigo una amenaza constante y helada: los Dementores. Estas criaturas abominables y guardias temidos de Azkaban, que chupan la felicidad y pueden robar el alma, han sido desplegadas alrededor del colegio para protegerlo de Sirius Black. Sin embargo, la presencia de los Dementores afecta a Harry de una manera particularmente devastadora. Durante un viaje en el Expreso de Hogwarts, uno de estos seres encapuchados ataca a Harry, obligándolo a revivir el último y terrible momento de la vida de su madre, causando que se desmaye. Afortunadamente, el nuevo profesor de Defensa Contra las Artes Oscuras, el profesor Remus Lupin, interviene, demostrando una habilidad mágica inusual y salvándolo a tiempo. Lupin se convierte rápidamente en una figura paterna y guía vital, enseñando a Harry el complejo y crucial Encantamiento Patronus, la única defensa efectiva contra los efectos paralizantes de los Dementores. El miedo se extiende por el castillo cuando Sirius Black logra infiltrarse en Hogwarts, destrozando el retrato de la Dama Gorda en un intento desesperado por llegar a Harry, lo que aumenta la paranoia general y la tensión dramática que define a Harry Potter y el prisionero de Azkaban.
Las clases de Cuidado de Criaturas Mágicas, bajo la dirección del profesor Hagrid, también se convierten en una fuente de serios problemas y angustia. Durante una lección, el magnífico Hipogrifo Buckbeak ataca al arrogante Draco Malfoy después de ser provocado con mala intención. La exageración malintencionada de Malfoy y la influencia vengativa de su padre, Lucius Malfoy, dan como resultado una sentencia de muerte para la noble criatura, lo que añade una carga emocional adicional al trío de amigos. Mientras tanto, Harry, Ron y Hermione comienzan a sospechar que hay más en la historia oficial de Sirius Black de lo que el Ministerio de Magia está contando. El misterio se profundiza con la extraña conducta de Scabbers, la rata mascota de Ron, y la aparente rivalidad constante entre el gato de Hermione, Crookshanks, y el roedor. La verdad crucial comienza a desvelarse cuando Harry descubre, gracias a información confidencial, que Black no solo era el mejor amigo de su difunto padre, James Potter, sino también su padrino legal, lo que genera una mezcla intensa de confusión, rabia y esperanza en el joven mago y prepara el escenario para el choque final de Harry Potter y el prisionero de Azkaban.
El giro final, catártico y crucial, se desarrolla en la vieja y misteriosa Casa de los Gritos, una de las localizaciones más temidas del mundo mágico. Allí, Harry, Ron y Hermione, con la ayuda del Mapa del Merodeador, finalmente confrontan a Sirius Black y al Profesor Lupin. En una escena de alta tensión y revelaciones, se revela la impactante verdad: el verdadero traidor de los Potter no fue Black, sino Peter Pettigrew, un Animago ilegal que se ha estado escondiendo durante doce años disfrazado como la rata Scabbers de Ron. Lupin, a su vez, confiesa ser un Licántropo o hombre lobo, un secreto que Black y James Potter conocían y protegían. Harry y Hermione utilizan el Giratiempo, un artefacto mágico que permite viajar atrás en el tiempo, para realizar una misión de rescate desesperada en medio de la noche. Con este poderoso hechizo, salvan a Buckbeak de su ejecución injusta y, lo más importante, rescatan a Sirius Black de ser capturado y de recibir el Beso del Dementor, un destino peor que la muerte. Harry Potter y el prisionero de Azkaban concluye con la huida dramática de Black en el lomo de Buckbeak, lo que siembra la semilla de la esperanza en Harry de tener, por fin, un familiar protector que lo espera en el mundo mágico. La inocencia de Black es probada, y Harry acepta que su vida será una lucha constante contra la oscuridad, una lucha que ha definido a Harry Potter y el prisionero de Azkaban como la aventura más personal y emocional hasta la fecha, cambiando la saga para siempre.